本发明提供了一种用于燃料电池双极板的密封结构。双极板包括第一双极板和第二双极板，密封结构平铺在第一双极板与第二双极板之间。密封结构包括密封垫，密封垫由氟橡胶制作。密封垫的至少一个表面带有凸峰，凸峰包括网格状凸峰或至少两圈环状凸峰。当双极板装配成电堆后，密封垫处于压缩状态，此时密封垫的高度比其处于非压缩状态时减小20％～30％。高温质子交换膜燃料电池双极板的密封结构采用氟橡胶制作，其气密性与耐高温性都非常优异，能保证燃料电池电堆的长时间稳定可靠运行。