一种基于富水有机质软土层河道的搅拌桩施工方法，包括以下步骤：1）测量放样；2）桩孔钻设，并在桩孔钻设过程中同步下放护筒；3）钻设至设计标高后，停钻并泵送粉细砂；4）钻杆芯管充满粉细砂后提升钻杆以及护筒的第二弧板节；5）提升至钻杆脱离护筒后停止泵送并形成砂桩；6）按照桩位序号，在后续桩位采用上述方法依次进行桩孔钻设；7）钻设至第三根桩孔时，利用水泥桩搅拌机进行第一根桩孔的搅拌喷浆作业并形成防渗墙体。本发明专利采用上述方法，可克服常规水泥土搅拌桩在塑性指数高的富水有机质软土层中成桩强度低的不足，提供一种在富水有机质软土层河道的搅拌桩施工方法，有效提高成桩强度。