本发明提供一种面向区域覆盖的遥感数据筛选方法及系统，该方法包括：从待筛选遥感数据集中初筛出候选遥感数据集；将各遥感影像的空间几何对象按目标区域范围进行空间裁剪后相互切割并去重，得到覆盖目标区域的碎片化几何要素集合；通过空间连接计算裁剪后的各遥感影像包含碎片化几何要素集合中的碎片；根据裁剪后的各遥感影像包含的碎片数量、成像时间和云量，优选出目标遥感影像。本发明直接利用空间计算，得到精确覆盖目标区域的碎片化几何要素集合，通过集合关系运算和多条件权重模型进行遥感数据筛选，有效降低了数据冗余，保证了筛选的遥感影像的数量、时间、云量和空间覆盖度的综合最优；为生产长时间序列的大区域影像镶嵌产品提供支持。