本发明公开了一种石蒜属荧光EST‑SSR分子标记引物，该引物包括SSR32、SSR115、SSR198和SSR203；本发明还公开了利用该引物鉴定石蒜属种间杂交种F1代的方法及其应用。本发明利用4对上述荧光EST‑SSR分子标记的引物对石蒜和换锦花、石蒜和中国石蒜的杂交种F1代进行真伪鉴定，发现SSR203+SSR115结合杂交种检测率分别达到96.30％、96.15％，与3对引物相结合(SSR203+SSR115+SSR198和SSR203+SSR115+SSR32)鉴定结果相同，可以看出用SSR203+SSR115组合可将石蒜和换锦花、石蒜和中国石蒜杂交种F1代鉴别开，可大大缩短育种周期，减少工作量并节约成本。