本发明公开了一种地层等厚线图的自动生成方法及装置，方法包括：获取成图区内有目标层孔及无目标层孔的钻孔信息,对所述有目标层孔的目标层的厚度值T目+插值生成厚度DEM；计算有目标层孔的目标层的平均厚度；取所述无目标层孔的点位信息对应有目标层孔的厚度DEM上的厚度值的绝对值；取有目标层孔的目标层的平均厚度与无目标孔的厚度绝对值的算术平均数，并乘以‑1,得到最终的无目标层孔的目标层负值厚度；将目标层的厚度、无目标层孔的负值厚度、及其所对应的钻孔点位信息，以及地质图边界线作为离散数据，对该些离散数据进行插值；进行等值线追踪，即生成目标地层等厚线图；本发明提供精度更高的地层等厚线图的自动生成方法。