本发明提供一种基于SD卡和EEPROM的固件程序更新方法及系统，通过MCU与外部SD卡和EEPROM存储器等硬件设备配合存储嵌入式系统的硬件版本信息和待更新固件程序的软件版本信息，同时将系统的硬件版本信息和待更新固件程序的软件版本信息加入到待更新固件程序的内部数据中和固件程序的文件名中，保证了引导程序将正确软件版本的固件程序升级进入正确硬件版本的MCU；同时在引导程序升级固件程序过程中，利用标准的SHA256安全哈希算法对升级前固件程序文件所含内部数据、MCU内已更新的固件程序的所有数据，均进行了数据完整性认证检查，保证了引导程序将待更新固件程序文件的所有数据正确升级写入MCU内，提高了固件程序写入MCU的准确性。