本发明公开了一种实验动物用无菌隔离器；包括有用于隔离外界环境的隔离包、用于对隔离包提供洁净空气的供气装置以及用于对进出隔离包物料进行自动消毒的进出料消毒装置；其中进出料消毒装置通过回转安装于壳体上的转子对壳体进行动态分区密封，并在密封空间内设置载具本体，通过转子带动载具本体回转，将物料在进料口与出料口之间转运；转子在转动过程中配合消毒液喷嘴联动运作，实现对进出隔离包物料的自动转运和消毒。通过转子对壳体进行分区密封并在密封区域内对物料进行转运消毒，实现了物料转运和消毒的自动化，提高了物料转移消毒效率，同时避免了人工操作过程中因操作不当造成隔离包泄漏污染，提高了消毒可靠性。