本发明涉及洁净物流转运箱及追踪系统，包括顶盖、栓套和橡皮板，所述顶盖的底端设置有箱盒，且箱盒的中部设置有封闭门，所述封闭门的内部设置有抗压架，所述封闭门的中部设置有限位板，且限位板的内侧设置有RFID扫码架，所述RFID扫码架的两侧设置有合页，且合页的两侧设置有棉架，所述箱盒的外部一侧设置有扫码架,本发明的有益效果是：当物流转运箱运到地点时，操作者可通过RFID扫码架中的设备进行扫描，使用者将物流转运箱中医院用过的医院布草回收进行清洗消毒，洁净物流转运箱通过RFID扫码架中的设备，RFID扫码架中的扫描识别操作，便于对消毒之后的物流转运箱进行追踪，可对损毁的之后物流转运箱难以进行追踪定责。