本发明公开了一种高压脉冲模块化水处理电源及其控制方法，包括：A单元、第一～第2N SM单元、变压器、第一～第2N二极管、第一滤波器、第二滤波器，所述A单元为半桥模块的A单元或全桥模块的A单元，所述SM单元为半桥MMC模块；还包括输出电压误差计算环节，传递函数运算环节，载波环节，比较环节，延迟环节以及驱动信号产生环节。本发明能够减少开关器件应力同时抑制充电电流峰值，低压直流输入同时具有隔离功能，并且能够仅用一个电压传感器即可实现闭环控制生成双极性高压脉冲。