本发明公开一种带有废水热量利用结构的二甲醚生产系统及其使用方法，所述系统包括汽提塔、汽提塔再沸器、汽化塔、精馏塔釜液槽、精馏塔釜液泵和废水冷却器；精馏塔釜液泵与汽化塔之间的所述管道上安装第一截止阀，第一截止阀下端的管道连通安装第一分支管道，第一分支管道上安装有第二截止阀和汽提塔管程入口阀；第一截止阀上端的管道连通安装第二分支管道，第二分支管道上安装有第三截止阀和汽提塔管程出口阀；本系统使汽化塔中的废水与精馏塔塔釜液通过汽提塔再沸器进行换热，提高了精馏塔塔釜液的温度，降低了汽化塔的蒸汽使用量；在换热过程中降低了废水温度，废水进入废水冷却器后循环水蒸发量降低，节约循环水使用量，减少了冷却水消耗。