本发明公开了一种风电偏航减速机柔性输出齿轮轴的装配方法，包括：加热前机体；装配后圆锥滚子轴承外圈；在前机体上装配前圆锥滚子轴承外圈；拆卸装配前、后圆锥滚子轴承外圈用的工装；装配前圆锥滚子轴承内圈；拆卸用于压实前圆锥滚子轴承内圈的压筒；吊装前机体，与输出轴组装；装配后圆锥滚子轴承内圈；检验轴承旋转力矩；逐级安装4级行星传动装置，直至减速机上部件装配完成；减速机调头在第五工装上固定；在前机体上安装端盖、密封件和固定压板；输出齿轮装在输出轴上并装配好锁紧螺母；拆卸第五工装，装配完成。本发明在保证输出齿轮轴的安装精度同时，可有效实现偏航减速机柔性输出齿轮轴装配的顺利实施。