本发明公开了一种汽车控制系统、方法及设备。该汽车控制系统包括：控制模块，用于对汽车的运行进行控制；燃料电池模块，与控制模块连接，用于提供第一供电电源；蓄电池模块，与控制模块连接，用于提供第二供电电源；第一开关模块，与控制模块连接，用于生成模式转换指令；其中，燃料电池模块包括：自检单元，自检单元与控制模块连接，用于对燃料电池模块进行自检操作；控制模块还用于根据模式转换指令控制蓄电池模块关断，控制模块根据模式转换指令和自检结果控制燃料电池模块开启。本发明能够在蓄电池模块出现故障时，使用燃料电池模块保证汽车的重新启动，从而避免汽车停止运行对公共交通安全带来的隐患。