本发明涉及组织培养及种苗高通量繁育技术领域，特别涉及一种面包果种苗的高通量繁育方法。该方法包括：将面包果母株根段进行扦插，取根段上生长出的茎段制备外植体，清洗、消毒灭菌；将外植体接种到愈伤组织诱导培养基上进行愈伤组织诱导，得到带愈伤组织的茎段；将带愈伤组织的茎段接种到丛生芽诱导培养基上进行丛生芽增殖分化，得到丛生芽；将丛生芽进行分株后，接种到生根培养基上进行生根，得到完整植株。本发明以母株根段扦插，根部上长出的茎段为外植体材料，才能诱导出丛生芽，获得丛生芽。