本发明提供一种地下储层微构造三维散点的生成方法，包括步骤：第一步，拆解地震数据成具有空间坐标的地震数据点；第二步，根据地下储层平面位置，圈定研究范围内的地震道；第三步，根据研究的深度范围，确定每个地震道上的搜索起始点与终点；第四步，求取每个地震道上符合储层地震特征的数据点的深度；第五步，消除构造深度值异常的数据点；第六步：输出储层微构造三维散点数据，完成地下储层微构造三维散点的生成；该方法可提高微构造识别的速度与精度，对地下储层构造的研究具有重要意义。