本发明提出了一种独立微电网储能变流器单机能量自治控制方法和系统，包括：独立微电网能量管理系统失效情况下，当能量自治使能命令生效时，记录蓄电池的初始荷电状态区间和初始有功功率指令值；根据当前荷电状态区间、上一个荷电状态区间、初始荷电状态区间和初始有功功率指令值，调整独立微电网储能变流器的有功功率指令值。该方法和系统根据当前荷电状态区间、上一个荷电状态区间和初始荷电状态区间，调整独立微电网储能变流器的输出功率，能够在EMS失效采集不到所有储能变流器及配套蓄电池信息情况下，对单台储能变流器及配套蓄电池进行控制从而避免单台变流器蓄电池满充或者放空现象。