本发明公开了一种氯硅烷充装系统和氯硅烷充装方法，氯硅烷充装系统包括充装管、保护气源、氯硅烷储罐、气液分离装置、真空泵和冷却装置，充装管具有保护气口、氯硅烷进口、抽真空口和充装接口，保护气源与保护气口连通，氯硅烷储罐与氯硅烷进口连通，气液分离装置设在充装管上，气液分离装置位于氯硅烷进口和充装接口之间，真空泵与抽真空口连通，冷却装置设在充装管上且位于气液分离装置和充装接口之间，冷却装置用于将气态氯硅烷冷却为液态氯硅烷并分离和排出氯硅烷中的不凝气体。本发明的氯硅烷充装系统，避免了氯硅烷中杂质和颗粒度超标的情况，提升了氯硅烷的充装品质。