本发明公开的基于数字孪生的实体制造系统部署方案的生成方法及系统，包括：将需求域设定为使用数字孪生技术解决物理实体具体应用服务问题所需必要条件；将功能域设定为使用数字孪生技术解决物理实体具体应用服务问题所需物理实体未满足的必要条件；将物理域设定为实现功能域所需的必要条件；将过程域设定为物理域中设计元素的部署实施方案；对功能域与物理域之间的设计矩阵、物理域与过程域之间的设计矩阵进行独立性公理分析；对满足独立性公理的部署实施方案进行信息公理分析，选取信息量最小的部署实施方案为最优部署实施方案。将数字孪生技术与公理性分析相结合，获取了基于数字孪生的实体制造系统的最优部署实施方案。