本发明提供多建筑物的三维重建方法及系统，方法包括：将航拍图像集一输入到神经网络模型中，以识别得到航拍图像集一中的待识别建筑物的最小外接矩形，根据航拍图像集一的拍摄参数来计算最小外接矩形所需的外扩距离；将航拍图像集二的拍摄参数输入至预设高度计算公式中，以计算得到航拍图像集二中的待识别建筑物的建筑物高度；根据外扩距离和建筑物高度对航拍设备设置飞行轨迹；航拍设备根据飞行轨迹对待识别建筑物进行数据采集，从而获取得到含有位置信息的航拍图像集三，对航拍图像集三进行处理以得到待识别建筑物的三维模型。有益效果：通过简单的公式规划得到的飞行轨迹进行数据采集，提高建模精度。