本发明公开了一种含有桧木醇和植物精油及其主要成分的杀菌组合物，有效成分为桧木醇和牛至精油，丁香精油，百里香精油，香芹酚，丁香酚和百里酚。桧木醇和牛至精油，丁香精油，百里香精油，香芹酚，丁香酚和百里酚的质量份数比为1:1，1:10，1:30，1:50。本发明杀菌组合物可用于防治立枯丝核菌、油菜菌核病、番茄灰霉病、小麦赤霉病、稻瘟病、棉花枯萎病和黄曲霉。本发明组分均为天然产物，对环境无害。可望减少农药对环境的影响，降低用药成本，能延缓或克服病害抗药性的产生，延长药剂的使用寿命，有利于病害的综合管理。