本发明提供一种内镜下辅助识别粘膜下血管的方法及系统，属于血管识别技术领域，对实时采集的待检测部位的时序图像进行预处理，将时序图像的像素值转化为零均值和单位方差；基于成像式光电容积描记技术，从预处理后的时序图像中，提取血液容积波，并确定对应的血液容积波动频率；基于成像式光电容积描记技术，从预处理后的时序图像中，提取各像素点的像素变化值，并确定对应的像素点的像素波动频率；根据血液容积波、血液容积波动频率、像素变化值以及像素波动频率，确定粘膜下血管覆盖区域。本发明能够在内窥镜操作过程中，在不借助额外设备且不延长操作时间的前提下，实时准确提取消化道血流信息，准确识别粘膜下血管，保证了手术安全。