一种基于循环网络的蛋白质与蛋白质相互作用预测方法，首先，根据输入的待测定蛋白质‑蛋白质作用的蛋白质序列信息，生成蛋白质序列的残基组成特征、残基过渡特征、残基分布特征；其次，生成蛋白质序列的残基组成特征、残基过渡特征、残基分布特征；然后，生成蛋白质序列的残基组成特征、残基过渡特征、残基分布特征；再次，搭建循环神经网络框架，从PDB库中收集已有蛋白质‑蛋白质界面相互作用的蛋白质序列和标签，计算蛋白质序列的特征张量，与对应的标签组成数据集，使用循环神经网络框架在数据集上学习预测模型；最后，将待进行蛋白质‑蛋白质界面相互作用预测的特征向量输入模型中，得到界面作用预测结果。本发明计算代价低、预测精度高。