本发明公开了一种核磁管干燥系统，包括干燥箱、供气装置和加热装置；干燥箱包括箱体、外烘干机构和内烘干机构；外烘干机构包括顶箱、多个固定座和多个送风机；供气装置包括通回收泵、氮气罐、供气泵；加热装置包括热水箱、第一换热器和设第二换热器、供水泵和三通。本发明通过设置加热装置、供气装置和干燥箱，供气装置提供的氮气经过第一换热器加热后，通过内烘干机构将干燥的氮气吹入核磁管的内腔，对核磁管的内腔进行干燥，使用后的氮气流回回收箱，然后通过供气装置中的回收泵回收吹干核磁管内腔的氮气，有利于减少氮气的消耗量；通过外烘干机构的多个送风机将第二换热器加热后的干燥空气吹送到核磁管的外壁，有利于核磁管的外壁的干燥。