本发明提供一种玛咖提取物的制备方法，它将玛咖粉放入微波干燥器中，升温加热至50～60℃，并保持15～25分钟，冷却至室温，以进行灭酶处理，破坏酶的活性，防止芥子油苷水解；再进行回流提取；在提取物中加水搅拌后，静止沉淀，分离出上层的清液，浓缩该清液后，加入β‑环糊精，并搅拌50～70分钟，以对提取物进行包埋，防止芥子油苷的挥发，再进行真空干燥，得玛咖提取物。本发明可有效防止玛咖中的有用成分—芥子油苷的水解，尤其在常温常压下对提取物进行包埋，有效防止了芥子油苷的挥发，尽量保留该成分，以提高功效，降低口服时的刺激感，减少服用量。