用于评估微卫星不稳定性(MSI)的方法分析对应于MSI的多个标记区域的核酸序列读段。标记区域可以包含长均聚物和/或短串联重复序列(STR)。对于靶均聚物，基于序列读段中的均聚物区域的流空间信号测量结果而计算均聚物信号值直方图。基于均聚物信号值直方图的特征为对应于靶均聚物的每一标记区域确定每标记的得分。对于靶STR，方法包含计算对应于靶STR的标记区域的序列读段的重复长度直方图。基于重复长度直方图的特征计算每STR标记的得分。可以组合多个每标记得分以形成样品的总MSI得分。