本发明公开了一种串联水库联合防凌补偿调度方法及其专用系统,S1、采集串联水库及其下游河道涉及范围内的流量、输沙率、水位及断面数据、水库的特征参数和水库运行相关数据，以及流凌、封河、开河日期及冰厚、冰塞、冰坝的凌情特征数据；S2、分析计算河道凌情影响因素;S3、河道凌汛期各阶段防凌安全控制流量指标;S4、建立并存储下水库至防凌河道区间流量过程；S5、建立并存储凌汛期各阶段下水库控泄流量指标;S6、建立并储存串联水库联合防凌补偿调度模型；S7、拟定串联水库联合防凌调度方案；S8、串联水库联合防凌调度方案比选与推荐。本发明为应对河道凌汛的串联水库联合防凌补偿调度提供了一种有效途径。