本发明公开一种分离式鱼菜共生系统的鱼苗引入及养殖管理方法，包括鱼苗进入系统前的准备、鱼苗进入系统的过程管理和鱼苗进入系统后的养殖管理三大步骤。在鱼苗引入系统之前对系统的水体进行养水准备，鱼苗也经过池塘预养后再转入系统，保证鱼苗尽快适应系统并提高其成活率，提高系统的安全性。鱼苗进入系统时对鱼体严格消毒，进入系统后密切观察并合泼洒金维他和葡萄糖饵料，帮助育苗适应系统水体环境，提高鱼体免疫力，保证鱼苗生长。鱼苗进入系统后的饲喂管理按鱼重循序渐进投喂，使其慢慢适应，并严格监控水质，做到使鱼苗处于适宜的生长环境中健康生长，达到鱼菜共生系统维持平衡持续运转的目的。