本发明公开了一种水利水电工程生态调度方案的优化方法，根据生态流量要求，制定初步生态调度方案，并提出生态调度预期效果；根据生态调度方案开展生态调度试验；开展长期生态监测；对入库流量和下泄流量的水文节律进行分析，若水文节律不一致，对生态调度方案进行优化并开展下一轮的生态调度试验直至满足水文节律分析要求，若水文节律一致，则开展下一步的生态调度效果评估；若效果达到预期，可将初步生态调度方案作为最优生态调度方案长期执行，效果未达到预期，需对生态调度方案进行优化。本发明充分考虑了目前生态流量确定和生态调度效果保障的高度复杂性与不确定性，改进水利水电工程传统的生态调度方案确定方式，实现生态调度方案的最优化。