本发明公开了一种基于eDNA的水生生态分析方法及系统，方法包括：获取检测样本；利用形态学方法对所检测样本进行生物类别总生物量测定，得到第一数据；从所述检测样本中提取eDNA样本；对所述eDNA样本进行PCR扩增，进行文库构建并测序，得到宏条形码序列信息；获取比对数据库，将所述宏条形码序列信息与所述比对数据库进行比对分析，得到第二数据；根据所述第一数据和所述第二数据进行生态系统健康分析，得到分析结果。本发明避免了因主观因素导致的检测结果差异性，同时可以更精确的鉴定水生生态中的生物数量和占比。本发明可以广泛应用于水生生态分析技术领域。