本发明涉及含水合物储层渗透率的测定领域，公开了一种含水合物储层渗透率的测定方法。包括：形成含水合物储层；预备驱替气体和/或驱替液体；将所述驱替气体和/或驱替液体向所述含水合物储层中进行注入，测定在不同有效应力下，所述含水合物储层的水平绝对渗透率或垂直绝对渗透率；用稳态法或非稳态法测定不同有效应力下，所述含水合物储层的水平气水相对渗透率或垂直气水相对渗透率。本发明的方法避免了气水相对渗透率测定过程中的水合物分解或二次生成，实现了高压差或高流速驱替的可能性；实现对含多组分水合物储层渗透率的测定，包括绝对渗透率和相对渗透率的测定。