本发明涉及含氮化学肥料领域，特别涉及一种复合氮肥增效剂及其制备方法与应用，一种复合氮肥增效剂，其特征在于：包含有1、3、4‑丁香酚、2‑甲氧基‑4‑(2丙烯基)苯酚、二甲基亚砜、硼酸钠、2‑甲氧基‑4‑(2丙烯基)苯酚与二甲基亚砜的共晶体，各组分的重量份数为：1、3、4‑丁香酚：1～35份；2‑甲氧基‑4‑(2丙烯基)苯酚：1～30份；二甲基亚砜：5～50份；硼酸钠：3～35份，2‑甲氧基‑4‑(2丙烯基)苯酚与二甲基亚砜的共晶体：1‑25份，本发明的复合氮肥增效剂具有双向调控功能，既能够抑制尿素的水解而起到脲酶抑制的作用，又能够延缓铵态氮向硝态氮的转化而起到硝化抑制的作用，同时还具有用量低、绿色环保等优点。