一种生成多个空间上共配准的数据元素的方法，每个空间上共配准的数据元素与一对共配准的组织部分相关联并从一对共配准的组织部分中生成，该对共配准的组织部分从取自组织样本的核心的相邻位置获得，并且包括图像数据部分和基因组数据部分。对于每对共配准的组织部分，该方法包括：(i)从共配准的组织部分的成像数据部分获得多个多路到超路图像并将其存储为数据元素的一部分，(ii)从多个多路到超路图像生成图像数据并将其存储为数据元素的一部分，以及(iii)从相关联的共配准的组织部分的基因组数据部分生成基因组数据并将其存储为数据元素的一部分。