本发明公开了一种深水钻探隔水套管升沉补偿装置及方法，其包括设置在深水环境中的浮动式平台和隔水套管，所述隔水套管的上部穿过所述浮动式平台，位于所述隔水套管两侧的所述浮动式平台上竖直设置两组伸缩缸，两组伸缩缸的活塞杆端部之间水平安装夹持器，所述隔水套管的上部被所述夹持器夹持固定；当水位上升时，所述浮动式平台上升，所述伸缩缸的活塞杆回缩，使所述隔水套管不被所述浮动式平台上拉；当水位下降时，所述浮动式平台下沉，所述伸缩缸的活塞杆伸出，使所述隔水套管不被所述浮动式平台压迫。本发明能保障水位变化和浮动式平台浮沉时，隔水套管底部管靴基本保持固定，钻探工作不受影响。