本发明涉及波纹管补偿器技术领域，且公开了内置弹性连接结构的波纹管补偿器，包括下法兰，所述下法兰的顶部固定连接有第一连接管，所述第一连接管的顶部固定连接有第一强力磁铁，所述第一强力磁铁的顶部设有第二强力磁铁，所述第二强力磁铁的顶部固定连接有第一固定管。本发明通过增加第一连通管、第一强力磁铁、第二连接管和限位座，当对波纹管受到压缩和拉伸作用力时，通过第一强力磁铁在第一固定管内部发生水平方向上的移动，同时导向杆带动限位座在第二固定座内部发生横向移动，从而达到对波纹管长度进行补偿的目的，避免波纹管被压缩或被拉伸时轴向力对对接头造成损伤的情况发生，延长了对接头的使用寿命。