本发明提供一种脉冲噪声抑制水声信道估计方法，属于水声信号处理领域。涉及一种利用GAMP‑SBL对脉冲噪声抑制并实现水声信道估计的方法。(1)输入基带接收信号、字典矩阵、迭代终止条件，以及相关参数初值；(2)利用GAMP‑SBL估计脉冲噪声；(3)将脉冲噪声估计结果从基带接收信号中减去；(4)利用GAMP‑SBL进行水声信道估计；本发明的优点在于：利用脉冲噪声在时域上的稀疏性，采用对脉冲噪声进行估计，并将其从基带信号中减去以抑制脉冲噪声，能够减少对信号结构的破坏，提高脉冲噪声抑制性能。