本发明涉及一种可选择性重入的分支井双管完井管柱系统、施工及采油方法，其中，所述系统包括电潜泵管柱串、生产封隔器组件、选择性重入工具和双管密封工具组件，电潜泵管柱串下端与生产封隔器组件上端连接；选择性重入工具为倒“Y”形管道结构，倒“Y”形管道的上部为总油管，下部分别为主油管和副油管；主油管内部形成主井眼流道，副油管内部形成分支井眼流道；总油管的上端与所述生产封隔器组件的下端连接；双管密封工具组件包括主井眼密封工具和分支井眼密封工具；主井眼密封工具与所述主油管的下端连通，分支井眼密封工具与副油管的下端连通。本发明不仅保证侧钻窗口处密封完整性，同时还可实现主、分支井眼的分采、合采或轮采的开采方式。