本公开提供了一种相变存储器的制造方法，包括：提供包括器件区域和对位区域的衬底；其中，衬底上形成有互连线和覆盖互连线的第一介质层；互连线，用于连接相变存储器的外围电路和地址线连接部；第一介质层包括位于器件区域中的第一部分和位于对位区域中的第二部分；对准对位区域中第一条互连线的位置，在所述第二部分中形成第一对位凹槽；第一对位凹槽的深度，小于所述第二部分的深度；形成覆盖第一介质层的存储器材料层；其中，位于对位区域中的部分存储器材料层共性地覆盖第一对位凹槽，并基于第一对位凹槽的形貌形成第一子凹槽；基于第一子凹槽，在对准对位区域中第二条互连线的位置，形成贯穿存储器材料层的第二对位凹槽。