本申请提供一种磁悬浮转子起浮控制方法和控制装置、磁悬浮轴承。该磁悬浮转子起浮控制方法包括：获取辅助轴承(1)的单边最大形变游隙△x；获取转子起浮位移量δ；计算转子(2)自适应起浮的初始位置s＝△x+δ，其中0＜δ＜(x0‑D)/2，其中x0为辅助轴承(1)的设计间隙，D为转子(2)直径。根据本申请的磁悬浮转子起浮控制方法，能够实现转子自适应起浮，保证在第一次起浮转子就能够完全脱离辅助轴承，避免了引发振动导致损坏转子和辅助轴承。