本申请提出一种混合动力车辆的控制方法和系统，应用于混合动力车辆中，方法为：确定当前时刻与第一燃料喷射阀前一次使用时刻的第一时长，当第一时长大于等于第一预设时长时，控制车辆进入预定喷射模式；包括：判断车辆当前运作状态，当前运作状态为起动状态时，仅控制第二燃料喷射阀处于工作状态；当前运作状态为运行状态时，获取车辆当前所需要的扭矩，当前所需要的扭矩大于零且小于等于第一阈值或者大于第二阈值时，控制第一燃料喷射阀和第二燃料喷射阀均处于工作状态；当前所需要的扭矩大于第一阈值且小于等于第二阈值时，仅控制第二燃料喷射阀处于工作状态。本申请提供的方法效率较高、难度较小，且可以防止第一燃料喷射阀堵塞。