本发明公开了一种利用分支水平井开采盖层可渗透的天然气水合物藏的方法，属于海洋天然气水合物开采领域，本发明在选定的天然气水合物藏目标区域钻取多分支水平井，多分支水平井的两个或三个分支水平段呈上下平行设置，并分布在天然气水合物储层和可渗透盖层中，天然气水合物储层的分支水平段与可渗透盖层中的分支水平段形成了单井注采系统，解决了含可渗透盖层的天然气水合物藏中天然气水合物储层降压开采效率低下的难题。采用在天然气水合物储层注流体、盖层生产的多分支水平井可以形成上下注采系统，可有效防止水合物分解产生的甲烷气通过盖层泄露到海底，有效降低了在含可渗透盖层天然气水合物藏开采所面临的环境污染风险。