本发明公开了一种既有轨道运营区间上拆除建筑物的施工方法，包括如下步骤：在既有轨道的轨行区搭设安全隔离防护结构，分隔轨行区和作业区；将待拆建筑物进行安全风险分区，高风险区域采用人工进行拆除，中风险区域采用切割或钻孔设备配合吊车进行吊拆，低风险区域采用剪切设备进行拆除。本发明与现有技术相比，具有如下的优点和有益效果：在既有地铁车站轨行区搭设安全隔离防护结构，分隔地铁运营区及车站拆除作业区，避免两个区域的相互影响；利用普通模架体系对地铁运营区进行安全隔离防护，便于安装及拆除；对待拆建筑进行安全风险分区，分别制定拆除方案，既保证施工效率，又保证施工安全；提出剪切、切割、钻孔设备配合吊车的复合工法，实现地铁车站静力拆除，同时保证施工效率。