本发明涉及一种筒内轨道式水体剖面观测浮标，包括浮标体、位于所述浮标体中部的中心观测井、剖面观测设备，还包括安全筒、轨道、升降装置和限位器；所述安全筒安装于所述中心观测井的下方，安全筒壁上开设有透水孔；所述轨道安装于中心观测井与安全筒的内壁；所述剖面观测设备通过所述限位器安装于所述轨道上，并通过所述升降装置驱动其沿轨道升降。本发明在中心观测井的正下方安装带有透水孔的安全筒，减小了海流对安全筒乃至整个浮标稳性的影响，并且很好的阻隔了海水中漂流的渔网、杂物等对水下剖面观测设备的破坏和影响。