本发明公开一种新型保护膜及其批量制备方法及在燃料电池中的应用，保护膜从上至下依次包括离型保护膜、低粘度硅胶层、高粘度硅胶层和基材；取高粘有机硅胶粘剂、羟基封端聚二甲基硅氧烷、固化剂、添加剂、溶剂，搅拌均匀，涂布在聚酯薄膜上；取低粘有机硅胶粘剂、羟基封端聚二甲基硅氧烷、固化剂、添加剂、溶剂，搅拌均匀，涂布在聚酯薄膜复合体上；将其与离型保护膜压合，得到燃料电池用硅胶保护膜；在质子交换膜上涂布催化剂形成第一催化剂层，将保护膜贴合在表面，进行第二面涂布，涂布结束后，剥离硅胶保护膜，得到燃料电池用CCM；本发明制备保护膜生产工艺简单，生产效率高，并且在剥离时不会损坏催化剂层的完整性。