本发明公开了一种快速检测庆大霉素高产菌株的分子生物学方法，先采用氯化锂和ARTP相结合的方法对生产菌株进行诱变，可产生大量的正突变菌株；然后采用微卫星标记技术，结合琼脂糖凝胶电泳法，以待检测菌种DNA为模板，微卫星标记为引物，经聚合酶链式反应，扩增出大量特异性条带，经过琼脂糖凝胶电泳的检测，去除没有条带的菌落。本发明实现了对突变菌株的大规模初筛，避开了酶标仪检测，衍生产物不稳定，易分解对数据造成的影响。同时扩大筛选数量，大大提高了筛选效率。可以对绛红色小单孢菌诱变菌株进行大范围筛选，操作简便，筛选范围增大，筛选效率提高，减轻后期筛选力度。