本发明公开了基于挑战应答机制的智能楼宇移动设备认证系统、方法，包括控制中心、中继节点、路由器和移动设备，移动设备用于向路由器发送注册申请、申请命令执行、发起挑战、做出应答、发送和接收生成码。路由器用于选择和设定路由，广播连接设备的生成码、处理网络请求，转发控制请求，定位移动设备。控制中心用于分析控制请求的合理性、判别可疑设备并切断其广播其生成码、分析可能遭受攻击的设备并判断楼宇内关键设备是否被攻击，触发报警装置。本发明通过采用挑战应答方式进行智能楼宇内移动设备的安全防护的技术手段，在充分保证用户隐私的前提下克服现有技术中存在的恶意信息物理融合攻击隐患。