本发明公开了水稻抗褐飞虱基因Bph40及应用。以LRR为关键词搜索和蛋白质结构预测在日本晴参考基因组中找出26个抗性候选基因，利用全基因组关联分析确定四号染色体上LOC_Os04g08390基因位点为一个抗性关联位点。从5份抗性水稻材料中分离到两种LOC_Os04g08390的候选抗性等位基因类型，分别为232和396。通过遗传转化证实232是一个新的抗褐飞虱基因，命名为Bph40。通过遗传转化，将Bph40基因转入普通水稻品种，能够提高水稻对褐飞虱的抗性，从而减轻褐飞虱产生的危害，达到增产和稳产的目的。