本发明提供可避免畸形计算单元的岩石细观数值模型生成方法及系统，方法包括：步骤1.通过数值图像处理得到岩石试样的显微图像特征，在空间域内进行基于点饱和理论的随机撒点，提取矿物颗粒空间位置，对颗粒集合体在岩石试样边界内进行基于Voronoi图的空间区域剖分，生成Voronoi多边形，模拟矿物颗粒不规则形状的细观几何结构；步骤2.根据多边形的几何信息计算其质心坐标，采用质心迭代法，重新进行空间剖分，直到满足设定的迭代停止标准；将矿物颗粒的所有短边替换为短边中点，并重新生成岩石矿物颗粒模型；步骤3.对模型进行有限元网格划分，并在颗粒边界和内部插入无厚度界面单元，生成能够模拟岩石开裂的有限元数值模型。