本发明实施例公开了一种电路板的背钻加工方法及钻孔系统，通过获取电路板的实测钻孔参数和预设背钻参数，基于实测钻孔参数中的起始纵向坐标和终止纵向坐标的差值以及预设背钻参数中的第一导电盖板的厚度和最底层的金属层的厚度，确定电路板在各贯通孔位置处的实际厚度，以及基于预设背钻参数中各金属层的厚度和各介质层的厚度，确定电路板的理论厚度；根据由电路板的理论厚度、电路板在各贯通孔位置处的实际厚度、第一导电盖板的厚度、各贯通孔的理论背钻控深以及基于百分比控深模式一一对应地确定的各贯通孔的实际背钻控深深度，控制背钻刀具对贯通孔进行背钻时的背钻深度，以去除贯通孔内的金属尾巴。本发明实施例能够提高背钻控深精度。