本发明提供了一种并行网络入侵检测系统及其控制方法，包括：单连接攻击检测子系统，用于分析单连接攻击；所述单连接攻击检测子系统包括负载均衡模块，用于根据单连接攻击的类型对单连接攻击信息进行分配并发送检测；多连接攻击检测子系统，用于拷贝网络流量，并分析多连接攻击。本发明将NIDS分为单连接攻击检测和多连接攻击检测两个子系统，其中，多连接攻击检测子系统采用单检测单元，快速扫描报文首部，识别相应攻击行为；单连接攻击检测子系统采用多检测单元并行检测，将流量按照传输层协议分类，以会话或五元组为单位，将流量调度至负载最轻检测单元，在保持攻击证据同时，动态实现了负载均衡，额外占用检测单元的计算资源较少，提高处理效率。