本发明公开一种基于湖泊营养盐分类的治理方法，基于不同湖泊夏季的背景因子、总氮浓度、总磷浓度和叶绿素a浓度，利用简单线性回归模型分析分类必要性，对无必要分类的湖泊进行统一营养盐上限的治理，对于需分类的湖泊，先后通过95%分位数回归模型、广义加性模型识别各湖泊背景因子对叶绿素a浓度和总氮浓度的关系的影响以及各湖泊背景因子对叶绿素a浓度和总磷浓度的关系的影响，再基于识别出的显著背景因子进行分类，并通过简单线性回归模型分别制定各湖泊类型营养盐治理方案。本发明所述方法具有充分的生态学依据，分类结果具备客观性，可以提高管理效率，节约经济成本。