本发明公开了一种具有两级密封结构的洁净流体管式加热器及密封方法，包括石英加热管和两个左右两侧对称设置的隔离封环，隔离封环通过内螺纹向外连接设接口端头，接口端头内设端口流路，所述隔离封环内侧设有呈环形的限位凹槽，石英加热管左右两端设于限位凹槽内，加热管两端将限位凹槽分隔为内外两侧，在石英加热管左右两侧端口与限位凹槽相接处设置有第一级密封垫，形成石英加热管端头第一级密封结构；在石英加热管外侧与限位凹槽外侧之间设有第二级密封圈，形成石英加热管外侧的第二级密封结构。既可提高密封连接效果，降低密封连接难度，避免流体泄露风险发生，又可有效保证高洁净度要求。